幕府の機構は、大きく三回にわたり変わっている。はじめは政所(まんどころ)・問注所(もんちゅうしょ)・侍所が中枢機関であった。政所は公文書をつくり、財政事務を処理した。長官は別当(べっとう)といい、大江広元である。問注所は裁判事務をとり、長官の執事(しつじ)は三善康信。侍所は前にのべたが、長官の別当を和田義盛、次官の所司(しょし)を梶原景時がつとめた。そのほか「公事奉行人」のグループがある。下部機構として、国に守護人と地頭、京都に守護をおいた。